近年来，大理州紧紧围绕“生态强农、绿色兴农”的总体思路，不断强化农业面源污染治理，着力构建现代农业生态环保长效机制。
　　健全机制 强化政策支撑
　　在全省州市级农业农村局率先成立农业资源环境保护科，在州农科院设立大理州农业环境保护监测站并加挂“大理州洱海流域农业面源污染防治工程技术创新中心”的牌子，完善机构设置和人员配置。
　　2016年至2018年，先后制定出台畜禽养殖污染防治“十三五”规划（2016年-2020年）、农业面源污染防治工作意见、打好农业面源污染防治攻坚战工作方案等规划、意见、方案共53份。在持续强化政策支撑的基础上，全力抓好洱海流域农业面源污染综合防治、打造“洱海绿色食品牌”三年行动计划（2018年-2020年）及农药经营使用、化肥销售、农作物绿色生态种植3个配套办法的落实。
　　持续治理 打造清洁田园
　　实施农业水污染防治、土壤污染防治、化肥农药使用减量行动、有机肥替代化肥行动。2016年至2018年，全州化肥、农药使用量连续三年实现负增长，其中2018年化肥施用量比2015年减少5.8万吨、农药使用量比2015年减少1343.4吨；累计开展测土配方施肥1110.36万亩，涉及3308个行政村7.08万户农户；累计开展绿色防控599万亩次、统防统治1201万亩次。
　　认真贯彻落实国家耕地质量提升政策措施，2017年全州耕地平均质量等级为5.08，2018年采集513个土样开展耕地质量调查与评价。
　　抓实农田残膜回收处置，依托云南顺丰洱海环保科技股份有限公司、祥云洁田塑业公司等开展农田残膜资源化利用。2018年，全州农膜回收率达80.72%以上。 以农作物秸秆资源化利用为目标，积极引导和带动实施农作物秸秆向肥料化、饲料化、能源化、基料化等利用方式转变。2018年，全州秸秆综合利用率达83%。
　　严格监管 构建长效机制
　　完成12县市畜禽养殖禁养区划定，全面完成禁养区内58个规模养殖场关停搬迁工作。加强规模养殖场备案管理，截至2018年年底，全州共有农业农村部备案的规模养殖场667个，累计创建畜禽标准化示范场29个（国家级6个、省级23个），规模养殖场粪污处理设施装备配套率达97%。加强养殖场粪污处理设施设备运行情况和畜禽养殖“双随机一公开”监管，严格落实“一套污染防治设施、一本记录台账、一个公示牌”制度，推进畜禽粪污资源化利用。2018年，全州畜禽粪污综合利用率达75.35%。
　　抓实新一轮草原生态保护补助奖励工作。2016年至2018年，每年投入4015.05万元在11个县市实施草原禁牧167.01万亩、草畜平衡1106.99万亩的新一轮草原生态保护补助奖励工作；累计投入4940万元，实施退耕还草工程4.94万亩。
　　抓实水产养殖污染治理。建立重点区域退出机制，取消除电站库区外所有水域的网箱养殖。加强水产养殖管理，大力发展稻鱼共生等水产健康养殖，在提供高品质水产品的同时，减少化肥、农药使用量，有效保护水环境。截至2018年年底，全州创建农业农村部水产健康养殖示范场6家、省级水产健康养殖示范场3家。依据水域生态环境、资源状况和养护需求，切实抓好水生生物资源增殖放流，做到“以鱼净水、以鱼养水”，着力保护渔业水域生态。强化种质资源保护，先后建立了洱海水生野生动植物国家级保护区、弥苴河洱海弓鱼国家级水产种质资源保护区、漾弓江流域小裂腹鱼省级水产种质资源保护区和黑水河光唇裂腹鱼省级水产种质资源保护区。