经过10多年发展，我国农业文化遗产保护已经成为“农业国际合作的一项特色工作”，研究与实践处于国际领先地位；成为农业农村部一项重要工作和促进农村生态文明建设、美丽乡村建设、农业绿色发展、多功能农业发展和乡村振兴、脱贫攻坚的重要抓手；农业文化遗产保护与发展的经济、生态与社会效益凸显，农民文化自觉性与保护积极性显著增强；科学研究不断深入，有效支撑了农业文化遗产保护工作，推动了学科发展与人才培养，初步形成了一支多学科、综合性的研究队伍；全社会对于农业文化遗产价值和保护重要性的认识不断提高，多方参与机制初步形成。
　　但同时也存在着一些问题，突出表现在：对农业文化遗产的概念与内涵还存在着不同认识，全社会对于遗产重要性和保护紧迫性认识不足，“申报热度”差异明显，“重申报、轻管理，重开发、轻保护”现象明显存在；政策支持不够，缺乏相应的法律保障，缺乏保护利用的专项支持，对于农业文化遗产认定后的监管相对滞后；对农业文化遗产的跨部门、跨学科特征认识不够清晰，部门之间的协作、学科之间融合不能满足保护与发展要求；一些地方政府、企业、农民关系不顺，“农民主体地位”没有充分落实；农业文化遗产发掘与保护的科技支撑能力明显不足，认识片面化与简单化、研究深度不够、学科交叉不够、持续跟进不够现象明显。
　　从农业文化遗产的概念、内涵可以知道，不能将“农业”简单地理解为“种植业”，而是农林牧副渔的综合体；不能将“文化”简单地理解为“精神活动”或“文化现象”甚至“乡村艺术”，而是包含民俗文化、生态思想、传统知识、传统技术、乡村治理观念的综合体；这里的“遗产”不能简单地理解为“遗存、遗物或遗址”，而是活态的、动态的、具有生产功能和自然与文化遗产多重特征的传统农业生产系统。
　　研究与实践已经充分表明，农业文化遗产不是某一学科的深化，而是多个学科的交叉与融合；农业文化遗产保护不是单纯的理论研究，而是典型的实践探索；不是一般的“文物活化问题”，而是综合性的“区域发展问题”；不是“对于过去的记忆或保存”，而是“在核心要素不变的前提下面向未来的提高与创造”。因此需要建立以多学科交叉融合为基础的科技支撑体系，以问题为导向的研究范式，以系统性和动态性为主要特征的保护与发展模式。农业文化遗产发掘与保护不仅是一项全新的跨部门的管理工作，而且是一项全新的、跨学科的科研工作，无论是发掘与认定，还是保护与利用，抑或是监测与评估都需要科技支撑。